ในปี ค.ศ. 1363 พระเจ้าฌ็องที่ 2 ได้ตอบแทนความกล้าหาญของพระโอรสด้วยการพระราชทานดัชชีบูร์กอญให้แก่เจ้าชายฟิลิปวัย 21 พรรษา ปีต่อมาพระเจ้าฌ็องเสด็จสวรรคต พระเชษฐาของเจ้าชายฟิลิปขึ้นสืบทอดบัลลังก์ต่อเป็นพระเจ้าชาร์ลที่ 5 แห่งฝรั่งเศส กษัตริย์คนใหม่ประกาศรับรองตำแหน่งดยุกแห่งบูร์กอญให้พระอนุชาและให้ดยุกฟิลิปสมรสกับมาร์เกอรีต ทายาทในเคานต์แห่งแฟลนเดอร์ เพื่อขัดขวางไม่ให้เจ้าชายอังกฤษได้แต่งงานกับมาร์เกอรีต หลังการเจรจาลุล่วงดยุกฟิลิปและมาร์เกอรีตได้เข้าพิธีสมรสในเมืองเกนต์ในปี ค.ศ. 1369 โดยเจ้าบ่าวมีพระชนมายุ 27 พรรษา ส่วนเจ้าสาวมีอายุ 19 ปี

ในปี ค.ศ. 1384 เคานต์แห่งแฟลนเดอร์เสียชีวิตโดยอาจถูกขุนนางในศักดินาของตนสังหาร ดยุกฟิลิปผู้เป็นลูกเขยได้ขึ้นเป็นเคานต์คนใหม่โดยสิทธิของภรรยา ปกครองแอโน แฟลนเดอร์ อาร์ตัว และฟร็องช์-กงเต ดยุกฟิลิปปกครองดินแดนอันกว้างใหญ่ไพศาลโดยมีลีลเป็นเมืองหลวงทางเหนือและดีฌงเป็นเมืองหลวงทางใต้